L’invasion des mutants

Posted On 27/06/2021

Prédictions

Le professeur John P. A. Ioannidis de l’université de Stanford, l’un des plus grands épidémiologistes du monde [1], a toujours considéré la recherche scientifique avec une distance critique [2]. Dans le domaine de l’épidémiologie en général, et de la pandémie actuelle en particulier, il considère que la fiabilité des prédictions est plutôt problématique [3]. Parmi les raisons qu’il cite, on trouve la mauvaise qualité des données disponibles, des hypothèses incorrectes dans la modélisation et le manque de stabilité numérique dans les calculs [4]. Un exemple est cité où 4 méthodes différentes échouent déjà dans la tâche de prédire les décès dus au Covid 19 même un jour à l’avance pour les différents états américains.

Rétrospectivement, les prédictions concernant l’influence du mutant britannique B.1.1.7 du virus SRAS-CoV-2 sur l’incidence de l’infection se sont également révélées plutôt inexactes. Alors qu’en Allemagne, par exemple, le professeur Drosten prévoyait « 100.000 nouvelles infections corona par jour » pour le printemps et l’été [5], Research Luxembourg ne s’est pas trompé : en raison d’un taux d’infection 50 % plus élevé de la variante britannique, il fallait s’attendre à un pic à la mi-mai, comparable à celui de la deuxième vague (graphique de gauche). Cependant, une évolution beaucoup plus dramatique avec plus de 1.200 nouvelles infections par jour avait aussi été envisagée (graphique de droite) [6].

Dans les semaines et les mois qui ont suivi, les prévisions ont été soigneusement mises à jour à intervalles réguliers, le tout rappelant le sort d’un bonhomme de neige lors d’un dégel. Vous trouverez ci-dessous les prévisions pour les 25 février, 4 mars, 8 avril et 12 mai 2021.

Le pic de la « troisième vague » a finalement été atteint à la fin du mois de mars avec à peine 250 nouvelles infections, soit 6 semaines plus tôt que prévu et d’une amplitude quasiment trois fois moindre.

Un article paru sur science.lu en mars [7] tente d’expliquer comment interpréter les calculs de ces modèles :

Toutefois, dans ces modèles, les scénarios sont calculés en postulant que le comportement de la société ne change pas. Mais lorsque la situation devient critique, les gens changent généralement de comportement – ou les responsables politiques décident de nouvelles mesures. De sorte que les calculs des modèles à moyen ou long terme sont sujets à une grande incertitude. Ils indiquent ce qui se passerait si les choses continuaient à évoluer comme elles l’ont fait ces derniers jours. En d’autres termes, ils ne sont pas destinés à être des outils prédictifs. Ils indiquent plutôt la tendance pour les prochains jours et les prochaines semaines si la tendance des derniers jours se poursuit comme elle l’a fait. Ils constituent un guide utile. Mais pas un outil de voyance. C’est là que les malentendus surgissent souvent dans le débat public.

Nous laissons au lecteur le soin d’évaluer ces remarques. Peut-être lui sera-t-il accordé de reconnaître de quel débat public il s’agit dans la citation.

De plus, ces prédictions sont d’autant plus surprenantes qu’il est généralement connu que l’activité saisonnière des coronavirus diminue toujours en avril [8].

Faits

Si l’on compare les deuxième et troisième vagues, certaines particularités ressortent. Pour ce faire, nous examinons les taux de positivité (tests PCR positifs par rapport au nombre total de tests effectués) des tests effectués dans les différentes catégories :

1. Test à grande échelle incluant un aéroport (« LST & airport »)
2. Tests de diagnostic chez les personnes symptomatiques (« diagnostic »)
3. Tests de dépistage des contacts des personnes testées positives à la fin de la quarantaine (« tracing »)

La valeur moyenne pondérée déterminée à partir de ces catégories (voir [9]) est appelée « globale ».

Ces quantités, ainsi que la proportion du mutant britannique, sont présentées dans le graphique ci-dessous (sources [10,11], malheureusement les données différenciées pour le « traçage » et le « diagnostic » ne sont pas disponibles pour les semaines 45/2020 à 4/2021) :

Nous constatons :

• En termes de taux positifs, la troisième vague ne présente pas de pic prononcé.
• Dans le cas du test à grande échelle, la valeur de 0,5 % n’est plus dépassée à partir de janvier ; lors de la deuxième vague, le maximum était encore légèrement supérieur à 2 %.
• Le taux de tests diagnostiques positifs a fluctué autour de 2 % à partir de février, contre 10 % en novembre.
• Le taux de positivité global est similaire : il fluctue autour de 2,5 %, alors qu’à l’automne, il a atteint 6 %.
• Ce n’est que dans la recherche des contacts que l’on constate une nette augmentation : ici, les valeurs se situent entre 10 et 20%, la dernière valeur mesurée en novembre atteignant 10%.
• Il n’apparaît aucune corrélation entre l’évolution dans le temps de la proportion du mutant britannique et les taux positifs.
• Les taux positifs de 2021 s’atténuent comme ils l’ont fait au printemps 2020, mais un peu plus tard. Par conséquent, la saisonnalité du virus du SRAS-CoV-2 semble être à nouveau active. Il n’existe donc pas de nécessité causale pour justifier cette évolution par la vaccination.

Si l’on examine la composition du nombre de cas, il apparaît également qu’ils relèvent dans une proportion importante des tests effectués dans le cadre de la recherche de contacts (dans certains cas, jusqu’à deux tiers !). De plus, le maximum de la semaine 12 a lieu à un moment où le nombre total de tests est également le plus élevé. Ceci confirme une fois de plus la dépendance du nombre de cas par rapport au nombre total de tests [12].

En résumé, disons-le clairement : une « vraie » vague a un aspect différent. Nous nous attendrions à ce que le taux de positivité des tests de diagnostic (« diagnostic ») évolue sensiblement et atteigne un maximum prononcé, comme ce fut le cas lors des deux vagues précédentes.

Le fait que la majorité des cas soit constituée de ceux qui sont « trouvés » positifs par la recherche des contacts n’est pas non plus très convaincant. Ces personnes ne présentent généralement aucun symptôme ou des symptômes légers, sinon elles auraient été répertoriées dans les statistiques dans la catégorie des tests de diagnostic.

Regardons encore l’occupation des hôpitaux et la mortalité :

• Alors que l’occupation des lits de soins non intensifs suit le nombre de cas, l’occupation des lits de soins intensifs n’atteint son maximum qu’en semaine 16.
• Le nombre moyen d’occupation des lits de soins intensifs ainsi que le nombre de décès par semaine présentent initialement une forte corrélation pendant 6 mois (R2=0,9), mais s’éloignent à partir de la 12ème semaine pour des raisons inexplicables. Tout bien considéré, il n’y a pas de raison évidente au fait qu’une proportion significativement plus élevée de patients survive à la maladie après une certaine date. Des explications s’imposent. La situation est similaire pour les ratios d’occupation des lits de soins intensifs ou de décès par nombre de cas, où la divergence est encore plus prononcée à partir de la semaine 12.
• La campagne de vaccination ayant débuté fin décembre, 170.000 doses de vaccin avaient déjà été administrées au moment du pic d’occupation des lits de soins intensifs, la 16e semaine. On peut certainement douter de l’affirmation selon laquelle la promesse a été tenue de prévenir les cas graves par la vaccination. Après tout, le nombre de patients en soins intensifs à ce moment-là est tout à fait comparable à celui de l’automne.

Enfin, il convient de mentionner en passant que, selon des études récentes [14,15], la virulence du variant britannique ne diffère guère de celle des autres mutants. Cependant, des décisions politiques ont été prises par rapport à un danger potentiel (par exemple, le port obligatoire de masques dans les écoles), qui pourraient certainement être remises en question rétrospectivement sur la base des nouvelles données.

Perspectives

Quelle est la prochaine étape ? Le prochain mutant est déjà dans les starting-blocks : B.1.617.2 ou également appelé « Delta ». Il est déjà considéré comme le déclencheur de la « quatrième vague » [13]. Le LNS a actuellement (22e semaine) déjà déterminé une part de ce mutant de 30,9% [11]. L’automne pourrait donc être chaud.

Quoi qu’il en soit, nous attendons déjà avec impatience les prochaines prévisions.

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Sources

[1] Einstein Stiftung Berlin: John P. A. Ioannidis https://www.einsteinfoundation.de/medien/fragebogen/john-ioannidis/

[2] John Ioannidis: Why Most Published Research Findings Are False https://journals.plos.org/plosmedicine/article?id=10.1371/journal.pmed.0020124

[3] John Ioannidis: Forecasting for COVID-19 has failed https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7447267/

[4] Wikipedia: Stabilität (Numerik)
https://de.wikipedia.org/wiki/Stabilit%C3%A4t_(Numerik)

[5] Tagesspiegel (22.01.2021): Drosten warnt vor 100.000 Corona-Neuinfektionen pro Tag https://www.tagesspiegel.de/wissen/befuerchtungen-fuer-fruehjahr-und-sommer-drosten-warnt-vor-100-000- corona-neuinfektionen-pro-tag/26842290.html

[6] Research Luxembourg (14.01.2021): Draft of Covid-19 report: Update on the current epidemic status in Luxembourg
https://storage.fnr.lu/index.php/s/3WNDjbykUDrUDVw/download

[7] science.lu (03.03.2021): Stand der Wissenschaft zu den neuen Coronavirus-Mutationen https://science.lu/de/sars-cov-2-mutanten/stand-der-wissenschaft-zu-den-neuen-coronavirus-mutationen

[8] Medscape: What are the seasonal patterns of rhinoviral, coronaviral, enteroviral, and adenoviral upper respiratory tract infections (URIs)?
https://www.medscape.com/answers/302460-86798/what-are-the-seasonal-patterns-of-rhinoviral-coronaviral- enteroviral-and-adenoviral-upper-respiratory-tract-infections-uris

[9] Expressis Verbis: Statistisches Gaslighting
https://www.expressis-verbis.lu/2021/03/04/statistisches-gaslighting/

[10] data.public.lu: COVID-19: Rapports hebdomadaires
https://data.public.lu/fr/datasets/covid-19-rapports-hebdomadaires/

[11] Respiratory viruses surveillance – REVILUX
https://lns.lu/departement/microbiologie/revilux/

[12] Expressis Verbis: Inzidenz für alle
https://www.expressis-verbis.lu/2021/04/18/inzidenz-fuer-alle/

[13] MDR (17.06.2021): Corona-Mutante Delta auf dem Vormarsch – wann löst sie die vierte Welle aus? https://www.mdr.de/wissen/corona-covid-indische-mutante-delta-vierte-welle-100.html

[14] The Lancet Infectious diseases (12.04.2021): Genomic characteristics and clinical effect of the emergent SARS-CoV-2 B.1.1.7 lineage in London, UK: a whole-genome sequencing and hospital-based cohort study https://www.thelancet.com/journals/laninf/article/PIIS1473-3099(21)00170-5/fulltext

[15] The Lancet Public Health (12.04.2021): Changes in symptomatology, reinfection, and transmissibility associated with the SARS-CoV-2 variant B.1.1.7: an ecological study https://www.thelancet.com/journals/lanpub/article/PIIS2468-2667(21)00055-4/fulltext

Photo: « This Island Earth » 1955