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Incidence pour tous

Last updated on 19/04/2021

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Dans la recherche d’un indicateur « fiable » pour l’évaluation de la situation épidémiologique actuelle, presque toutes les quantités possibles et impossibles ont été utilisées au fil des ans : les chiffres quotidiens des nouvelles infections et/ou des décès, l’utilisation des capacités hospitalières ou, par exemple, le chiffre de la reproduction.

Ces dernières semaines, le bon vieux « taux d’incidence sur 7 jours pour 100 000 habitants » a été rappelé. Dans notre pays voisin, l’Allemagne, il s’agit maintenant de déterminer  » la gravité du verrouillage et les mesures pour contenir la pandémie  » [1] dans le cadre de la troisième vague. Car la limite supérieure a finalement été fixée à 100 nouvelles infections, si cette valeur est inférieure, « des ouvertures prudentes sont possibles ».

Un contemporain vigilant a attiré notre attention sur le fait qu’au Luxembourg aussi, le mot « incidence » est utilisé de manière ostensible et plus fréquente dans les titres des médias depuis quelque temps [2,3,4]. Le ministère de l’éducation pense depuis longtemps en termes d’incidence hebdomadaire et considère également cette dernière comme un critère de décision : la limite supérieure jusqu’à laquelle l’enseignement en face à face devrait être possible a été fixée à 300 nouvelles infections par semaine dans la communauté scolaire [5].

Le fait que l’incidence n’est pas une variable incontestable est apparu clairement l’été dernier, entre autres : le Luxembourg, en tant que  » champion du monde des tests « , a été classé à plusieurs reprises comme zone à risque en raison de son incidence trop élevée, alors que l’incidence de l’infection n’aurait guère pu le justifier en soi : Après tout, le taux de positivité, par exemple, n’était pas plus élevé que dans les pays considérés comme plus inoffensifs. Le Luxembourg a alors retiré sans cérémonie les 200 000 navetteurs des statistiques afin de gagner au moins un peu de temps. Étant donné que ce groupe, dont la population n’est qu’environ trois fois plus nombreuse, contribue certainement pour une part non négligeable à l’incidence de l’infection, un tel acte ne peut vraiment être qualifié que de tour de passe-passe. Le fait que cela se soit quand même passé montre déjà à ce stade toute l’absurdité de la situation.

Quoi qu’il en soit, il existe une réelle probabilité que l’incidence puisse déterminer notre vie quotidienne à l’avenir, de quelque manière que ce soit. Il convient donc de s’intéresser de plus près à cette variable épidémiologique.


Incidence – passé et présent

Dans les statistiques médicales, l’incidence désigne le nombre de nouveaux cas de maladie survenant au cours d’une période donnée. Conformément au sens du verbe latin incidere : se produire, arriver, on suppose que ceux-ci se manifestent « d’eux-mêmes », par exemple qu’une personne présentant des symptômes cherche un traitement médical, ou qu’une certaine maladie est déterminée comme la cause du décès post mortem.

À l’époque de Corona, tout est différent : on n’attend plus qu’un cas de maladie se déclare dans le système de santé, mais on veut aussi identifier les porteurs asymptomatiques du virus afin de briser les chaînes d’infection. Comme on le sait, cela se fait d’une part au moyen du test à grande échelle (LST) et d’autre part en recherchant les contacts (tracing) des personnes testées positives présentant des symptômes. Ces derniers sont répertoriés par la Santé dans les statistiques sous la rubrique  » sur ordonnance « .


Les tests PCR utilisés à cette fin seront complétés dans un avenir proche par l’utilisation généralisée de tests antigéniques rapides. Les deux méthodes ont toutefois leurs limites et il est désormais considéré comme prouvé qu’un test positif ne peut à lui seul être assimilé à une maladie, c’est-à-dire à un cas de maladie, qui pourrait alors contribuer à l’incidence dans les statistiques. Dans le cas des personnes asymptomatiques, cela s’applique également à l’infectivité. Dans ce contexte, nous faisons référence à l’article paru dans The Lancet [6] :

Le fait que les personnes post-infectieuses obtiennent un résultat positif et s’isolent pendant 10 jours constitue une perte nette pour la santé et le bien-être social et économique des communautés. À notre avis, le test PCR actuel n’est donc pas l’étalon-or approprié pour évaluer un test de santé publique pour le SRAS-CoV-2.

ou la directive de l’OMS [7], qui remet en question la signification des tests PCR positifs chez les personnes asymptomatiques. La Santé conseille également de ne pas effectuer un second test après la phase d’isolement [8] :


Le risque de transmission d’une personne qui ne présente aucun symptôme est extrêmement faible après le 10e jour. Cependant, il ou elle peut rester positif(ve) pendant une période plus longue.

Néanmoins, toutes les personnes dont le test est positif sont traitées de la même manière dans les statistiques : Comme un cas de maladie.


La situation au Luxembourg

Examinons les chiffres pour le Luxembourg. Nous examinons la période à partir de la 36e semaine civile (CW) 2020 (31/08 – 06/09). Vous pouvez facilement voir, à partir du nombre de personnes testées positives (en rouge, échelle de gauche), la « deuxième vague », qui s’amplifie pour atteindre son maximum à la semaine 44 et s’éteint presque à nouveau à la semaine 52. À partir de la troisième semaine, les cas recommencent à augmenter régulièrement. Il est à noter que ce dernier point s’applique également au nombre total de tests effectués (en violet, échelle de droite).

L’incidence ne diffère que par un facteur fixe du nombre de tests positifs par semaine :

    \[ \text{incidence} =  \frac{100.000}{ 626.000} \cdot \text{nombre de tests positifs par semaine} \]

Il n’est donc pas pertinent, pour l’évolution de la tendance, de considérer les tests positifs ou l’incidence.


Dans ce qui suit
, nous voulons examiner de plus près ce paramètre épidémiologique, analyser son origine et voir comment il se comporte lorsque d’autres paramètres impliqués dans le processus d’infection changent. Pour ce faire, nous utilisons trois perspectives différentes.

1. la composition des personnes testées positives

Examinons la composition de la charge de travail en fonction des catégories : LST, traçage et « sur ordonnance » (diagnostic) :

Il n’y a pas de données disponibles séparément dans la catégorie « Traçage » pour les semaines 46/2020 à 4/2021 ; celles-ci ont été regroupées avec « Diagnostic ». Examinons donc les parts en pourcentage du nombre de cas pour les données disponibles :


Il est à noter qu’au cours des 
dernières semaines, la part de Tracing a augmenté et représente, avec LST, environ 2/3 des cas. Étant donné que l’on peut supposer que dans les cas où une personne est symptomatique, un test positif n’apparaît pas d’abord dans le LST ou lors du traçage, 2/3 de toutes les personnes testées positives sont asymptomatiques et, pour parler franchement, ne découvrent que par un test qu’elles ont été en contact avec le virus. Ces personnes ne représentent donc pas une charge pour les hôpitaux et la question justifiée reste de savoir pourquoi elles sont comptées comme des cas de maladie et incluses dans l’incidence.


2. incidence par rapport au taux de positivité

Le 
graphique suivant montre l’incidence hebdomadaire pour 100 000 habitants (rouge, échelle de gauche), et le taux de positivité en pourcentage (vert, échelle de droite). Nous obtenons ce dernier avec la formule :

    \[ \text{taux de positivité en pourcent} = 100 \cdot \frac{\text{nombre de tests positifs}}{\text{nombre total de tests}} \]

Ce qui semble similaire à première vue, diffère cependant dans les détails. Considérons, par exemple, la section à partir de la semaine 2 : alors que le taux de positivité fluctue autour de la valeur de 2%, l’incidence augmente en moyenne d’environ 7 cas par semaine pendant cette période.

Dans le cas du taux de positivité, on tronque virtuellement le nombre total de tests et on obtient un indicateur qui en est indépendant. L’incidence, par contre, montre une covariance entre ces variables. Si nous testons davantage, nous trouverons plus de cas, car le nombre de cas non signalés sera plus faible. (Bien sûr, cela ne veut pas dire que personne n’est malade sans avoir été testé).

Le taux de positivité est donc un indicateur beaucoup plus fiable que l’incidence. Ces derniers peuvent prendre des valeurs élevées, voire augmenter, sans que cela corresponde à l’incidence de l’infection.

Exemple de calcul

Quel est l’effet d’un groupe de 60 personnes testées positives dans un groupe de 300 personnes (disons, dans une maison de retraite) sur les variables incidence et taux de positivité (par semaine et pour 100 000, respectivement) ?


En prenant la moyenne des quatre semaines de mars 2021, on obtient :


  • nombre total de tests : 63.658
  • testés positifs : 1420
  • taux de positivité : 2,22
  • incidence : 227

Nous testons donc 300 personnes supplémentaires et le nombre de personnes testées positives augmente de 60 :


    \[ \text{nouveau taux de positivité} = 100 \cdot \frac{1.420+60}{63.658+300}  \approx 2,31\% \]

    \[ \text{nouvelle incidence} =  \frac{100.000}{626.000} \cdot (1.420+60) \approx 236 \]

Ainsi, les changements absolus pour ces deux variables sont :

Taux de positivité : 2,31 − 2,22 = 0,09 % et l’incidence : 236 − 227 = 9

Même si les variations relatives ne diffèrent que de manière insignifiante, l’incidence augmente donc de 9 cas, ce qui pourrait alors déjà conduire à des mesures plus strictes 
en fonction de la limite supérieure.


3. autres pays, autres incidences

Un virus ne connaît pas de frontières nationales – c’est ce qu’on dit. Dans le graphique suivant, nous avons visualisé les incidences de nos 3 pays voisins. Le nombre hebdomadaire de tests est représenté par une ligne pointillée (échelle de droite), il a été normalisé à 100000 habitants tout comme l’incidence. Sources : Santé, RKI et www.ourworldindata.com.

Il en ressort clairement que les incidences varient fortement entre les pays. Au plus fort de la deuxième vague, par exemple, la Belgique atteint une valeur de plus de 1000, suivie au même moment par le Luxembourg avec 752 et la France avec 553. L’Allemagne atteint ici un maximum seulement 6 semaines plus tard avec seulement 196 cas, ce qui est également très plat en comparaison avec les autres pays.

D’autre part, on peut observer 
une corrélation entre l’incidence et le nombre total de tests par pays : les pics d’incidence de la deuxième vague se reflètent plus ou moins dans l’évolution du nombre de tests, tant en termes de calendrier que d’ampleur. Enfin, au cours des dernières semaines, l’augmentation du nombre de tests se reflète également dans les incidences.

La question du sens

L’Allemagne va suivre la voie consistant à faire dépendre le renforcement ou l’assouplissement des mesures de lutte contre la pandémie de la valeur d’incidence. La valeur de cent est probablement plus motivée par des raisons « politiques » ; en tout cas, aucune justification scientifique solide n’a encore été fournie.


Et le Luxembourg ? Faisons-nous de même, et si oui, avec quelle valeur seuil ? Existe-t-il une manière significative de définir cette valeur ?

Si l’incidence se produit « d’elle-même », c’est-à-dire à travers des cas de maladie ou de décès présentant des symptômes clairs, elle a sans aucun doute sa raison d’être et donc une place fixe dans les statistiques médicales. Mais ce n’est pas ce dont nous parlons ici. En effectuant des tests de suspicion, on découvre des « porteurs de virus » asymptomatiques qui, par le passé, n’auraient peut-être jamais figuré dans une statistique.

De plus, un principe scientifique est rompu : le résultat d’une mesure ne doit pas dépendre de la mesure elle-même. Évidemment, ce n’est pas toujours le cas ici : plus on cherche, plus on trouve. Nous avons constaté à plusieurs reprises une corrélation entre l’évolution de l’incidence et le nombre total de tests.

Enfin, si l’on commence à comparer les pays individuels en termes d’incidence afin d’abstraire une certaine logique dans l’ensemble, la signification échoue complètement. Le nombre de paramètres qui contribuent à la valeur de l’incidence doit être infini.

Peut-être qu’on devrait juste essayer quelque chose de nouveau.

Sources

[1] t-online.de (31.03.2021): So ist die Corona-Infektionslage in Ihrem Landkreis https://www.t-online.de/nachrichten/panorama/id_87840494/7-tage-inzidenz-corona-in-deutschland-hier-gibt-es-viele-neuinfektionen.html

[2] RTL (24.03.2021): De Corona-Inzidenz-Taux klëmmt op 250 Fäll op 100.000 Awunner https://www.rtl.lu/news/national/a/1694415.html

[3] RTL (31.03.2021): 7-Deeg-Inzidenz klëmmt zu Lëtzebuerg op 269 pro 100.000 Awunner https://www.rtl.lu/news/national/a/1698374.html

[4] RTL (07.04.2021): Inzidenztaux ass a praktesch allen Alterskategorien erofgaangen https://www.rtl.lu/news/national/a/1701810.html

[5] RTL (15.03.2021): No der Ouschtervakanz kommen d’Schnelltester an de Schoulen https://www.rtl.lu/news/national/a/1687992.html

[6] Clarifying the evidence on SARS-CoV-2 antigen rapid tests in public health responses to COVID-19 https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)00425-6/fulltext

[7] WHO: Criteria for releasing COVID-19 patients from isolation https://www.who.int/news-room/commentaries/detail/criteria-for-releasing-covid-19-patients-from-isolation

[8] covid19.lu: Isolation, Quarantäne und Behandlung https://covid19.public.lu/de/gesundheit-schutz/isolation-quarantaene-behandlung.html