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Note de la rédaction: Le 05 mars 2021, nous avons transmis cet article aux médias luxembourgeois, estimant que cette information devrait les intéresser. Nous tenons à remercier M. François Aulner de RTL d’avoir accepté notre offre, pour son intérêt et son temps.

Expressis-Verbis

Sur la page officielle Covid 19 du Ministère de la Santé les visiteurs peuvent admirer un grand nombre de statistiques sur la page graphique.[1]. Nous sommes tout de suite interpellés par une différence notable en comparant les dates de début de certains graphiques. Les uns commencent à la fin du mois de février, lorsque les premiers tests ont commencé, d’autres un peu plus tard, comme le taux de positivité des tests PCR, qui ne commence que le 27 mars :

Pourquoi, en fait ?

Essayons de reconstituer le graphique complet dès les premiers chiffres. Les données sont fournies par la partie du code source de la page qui est responsable du graphique « Tests COVID-19 ». La « dégradation progressive », une technique bien connue des développeurs Web, permet de garantir que les pages web dotées de fonctionnalités étendues sont toujours affichées de manière pertinente, même dans les navigateurs moins puissants. Les données nécessaires au rendu des graphiques interactifs sont disponibles dans le code source sous forme de tableau (HTML).

A partir de là, nous pouvons calculer le taux de positivité à partir des valeurs du nombre total et du nombre de tests positifs (bleu clair). Nous avons lissé ces données avec la moyenne mobile sur 7 jours (bleu foncé). La zone correspondant à la zone initiale du graphique précédent est grisée (à partir du 27 mars 2020).

Lors de la première vague en mars 2020, seules les personnes symptomatiques ont été testées. Le délai entre l’infection et l’entrée dans les statistiques est de 8 jours [2]. Par conséquent, l’effet d’une intervention non pharmaceutique (INP) peut devenir perceptible au plus tôt après 8 jours dans les cas rapportés.

Si nous saisissons maintenant les données relatives au confinement (16 mars) et que nous considérons également le moment 8 jours plus tard (24 mars), nous constatons que le taux maximal de positivité des tests PCR s’est déjà produit auparavant (environ le 21 mars), et qu‘il n’existe aucun lien de causalité entre le confinement et l’endiguement de la première vague.

Ceci est confirmé par un graphique présenté sur la plateforme de développeurs « GitHub » de Research Luxembourg, qui illustre le calcul du nombre de reproductions Rt en tenant compte de cette correction temporelle [2] :

Note: during COVID-19 pandemics, there is a delay from infection to detection during to latency, sampling times and so on. Hence, it is necessary to refer all data to their true infection time. Here, we assume constant shift. By comparison with more advanced nowcasting procedures (e.g. RKI’s), we estimated such shift to be equal 8±1 days. Hence, be aware that we are looking at the past. This is considered in plots below.

Research Luxembourg: Real time Rt estimation

La courbe rouge intitulée « Smoothed Infected » indique le nombre absolu de nouvelles infections, contrairement à la courbe bleue du « Smoothed Detected », qui ne sont enregistrées dans les statistiques que 8 jours plus tard. Par conséquent, le nombre de reproduction corrigé du temps (graphique inférieur) était déjà en baisse depuis au moins le 9 mars et a atteint la valeur 1 le 19 mars.

Le fait que le maximum de la courbe bleue survienne un peu plus tard (environ le 26 mars) que le maximum du taux de positivité (21 mars) peut s’expliquer par le fait que le nombre de tests a fortement augmenté pendant cette période et que davantage de positifs ont donc été trouvés. Alors que le taux de positivité a déjà baissé, le nombre absolu de tests positifs a continué à augmenter pendant 5 jours supplémentaires. Le graphique suivant montre l’évolution de ces deux variables : Taux de positivité (ligne pointillée bleue) et moyenne mobile sur 7 jours (bleu continu), échelle de gauche, et nombre absolu de tests positifs (ligne pointillée rouge) et moyenne mobile sur 7 jours (rouge continu), échelle de droite.

La courbe du nombre de reproduction, cependant, est présentée différemment sur le site officiel de Covid19 [1]. Le graphique, qui commence le 18 mars, montre le nombre de reproduction qui ne franchit la valeur 1 que le 30 mars !

Pourquoi cet artifice a-t-il été nécessaire pour collecter les données manquantes avant le 27 mars de manière fastidieuse dans le code source HTML du site web, alors qu’il existe des sources de données officielles ? Oui, ces sources existent ! Cependant, pour une raison inexplicable, les données jusqu’au 16 mars inclus ont été supprimées. La capture d’écran montre le fichier téléchargeable sur data.public.lu [3], qui est proposé en format Excel et CSV.

Pour l’Allemagne, par exemple, il a aussi été possible de prouver [4] que le nombre de cas reproductibles était déjà tombé en dessous de un avant le confinement. Comme pour le Luxembourg, le nombre maximal de cas positifs a été atteint le 29 mars, tandis que le nombre maximal d’infections correspondantes est daté dès le 12 mars, car on suppose qu’il y a un délai moyen de 17 jours avant que le virus ne soit inclus dans les statistiques.

Entre-temps, il existe toute une série d’études qui remettent en question les avantages du confinement. Un exemple représentatif est une étude à laquelle a participé le célèbre professeur John P. A. Ioannidis [5]. Il compare 11 pays avec des NPI en partie très différents et arrive à la conclusion suivante :

Bien que de petits bénéfices ne puissent être exclus, nous ne trouvons pas d’avantages significatifs sur la croissance des cas pour des NPI plus restrictifs. Des réductions similaires de la croissance des cas peuvent être obtenues avec des interventions moins restrictives.

Conclusion:

Au final nous pouvons considérer ces 3 possibilités

  1. le taux maximal de positivité des tests PCR avait déjà été atteint le 21 mars. Le développement des infections s’est donc ralenti de lui-même et le confinement n’en est pas la cause.
  2. en publiant le graphique de la reproduction corrigée dans le temps de Research Luxembourg sur la plateforme GitHub, au moins la Task Force et donc le gouvernement lui-même devraient être pleinement conscients des faits décrits au point 1.
  3. la représentation du chiffre de la reproduction dans les publications officielles était faussée parce qu’elle était décalée dans le temps.
  4. les données d’avant le verrouillage ont été supprimées à posteriori.

Il est inutile de conclure qu’une vague d’infection qui se résorbe d’elle-même sans aucune mesure significative retire naturellement leur raison d’être à toutes les « interventions non pharmaceutiques » ultérieures :

  • Masques obligatoires,
  • Tests à grande échelle,
  • Confinements, etc.

Votre équipe Expressis-Verbis

Sources:

[1] Site officiel du Covid19 – Graphiques https://covid19.public.lu/fr/graph.html

[2] Research Luxembourg: Real time Rt estimation
https://github.com/ResearchLuxembourg/covid-19_reproductionNumber/blob/master/src/estimation_R_eff.ipynb

[3] data.public.lu: Données COVID19
https://data.public.lu/fr/datasets/donnees-covid19/

[4] Stefan Homburg: Evidenz zur Coronainfektion und der Wirkung des Lockdown Discussion Paper No. 670, ISSN 0949-9962
http://diskussionspapiere.wiwi.uni-hannover.de/pdf_bib/dp-670.pdf

[5] Assessing mandatory stay-at-home and business closure effects on the spread of COVID-19 https://onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1111/eci.13484

Cet article a été rédigé en allemand et traduit en français et en anglais.